Giovanni Antonini wurde in Mailand geboren und studierte an der Civica Scuola di Musica und am Centre de Musique Ancienne in Genf. Er ist Gründungsmitglied des Barockensembles Il Giardino Armonico, das er seit 1989 leitet. Mit diesem Ensemble ist er als Dirigent und Solist auf der Blockflöte und Traversflöte in Europa, den Vereinigten Staaten, Kanada, Südamerika, Australien, Japan und Malaysia aufgetreten. Er ist künstlerischer Leiter des Wratislavia Cantans Festival in Polen und Erster Gastdirigent des Mozarteum Orchesters und des Kammerorchesters Basel.

Er hat mit vielen renommierten Künstler:innen zusammengearbeitet, darunter Cecilia Bartoli, Kristian Bezuidenhout, Giuliano Carmignola, Isabelle Faust, Sol Gabetta, Sumi Jo, Viktoria Mullova, Katia und Marielle Labèque, Emmanuel Pahud und Giovanni Sollima. Antonini ist bekannt für seine raffinierten und innovativen Interpretationen des klassischen und barocken Repertoires und ist regelmäßig Gast bei den Berliner Philharmonikern, dem Concertgebouworkest, dem Tonhalle Orchester, dem Mozarteum Orchester, dem Gewandhausorchester Leipzig, dem London Symphony Orchestra und dem Chicago Symphony Orchestra.

Zu seinen Opernproduktionen gehören Mozarts »Le Nozze di Figaro« und Händels »Alcina« am Teatro alla Scala in Mailand und am Opernhaus Zürich, Händels »Giulio Cesare in Egitto« und Bellinis »Norma« mit Cecilia Bartoli bei den Salzburger Festspielen.

Mit Il Giardino Armonico hat Antonini zahlreiche CDs mit Instrumentalwerken von Vivaldi, J. S. Bach (Brandenburgische Konzerte), Biber und Locke für Teldec aufgenommen. Mit Naïve hat er Vivaldis Oper »Ottone in Villa« aufgenommen, und für Decca hat er zwei Bände mit Julia Lezhneva eingespielt. Später veröffentlichte er bei Alpha Classics (Outhere Music Group) verschiedene Alben, darunter »La Morte della Ragione«, eine Sammlung von Instrumentalmusik aus dem 16. und 17. Jahrhundert. Mit dem Kammerorchester Basel hat er die gesamten Beethoven-Sinfonien für Sony Classical aufgenommen und mit Emmanuel Pahud eine Platte mit Flötenkonzerten unter dem Titel »Revolution« für Warner Classics.

Antonini ist künstlerischer Leiter des Haydn2032-Projekts, das die Vision hat, mit Il Giardino Armonico und dem Kammerorchester Basel sämtliche Sinfonien von Joseph Haydn bis zum 300. Geburtstag des Komponisten aufzunehmen. Die ersten 18 Teile sind beim Label Alpha Classics erschienen, zwei weitere CDs sind pro Jahr geplant.